建立法人治理结构是事业单位改革的重要内容，是创新体制机制的主要任务，但在推进事业单位法人治理结构建设的过程中，我们发现还存在一些体制机制性矛盾，需要从更高层面通过顶层设计从根本上加以解决，主要表现在以下七个方面：
一是国家层面缺乏政策支持。2011年国务院下发的《关于建立和完善事业单位法人治理结构的意见》对事业单位法人治理结构的组织形式进行了较为详细的规定，但是对于操作层面规定的较为笼统，譬如事业单位应享有那些自主权，行政主管部门应如何给事业单位放权、事业单位如何确保独立法人主体地位等内容，并无具体的规定。因此在推进法人治理结构，特别是在赋予事业单位自主权方面，很难打破各行业主管部门的政策壁垒，难以取得实质性突破。
二是试点单位工作主动性不够。有的试点单位长期习惯于在主管部门的庇护下开展工作，担心改革后无人管问、自生自灭，不敢、不愿尝试行使法人自主权；有的试点单位和举办单位认为建立事业单位法人治理结构是增加了一个管理环节，多了一个“婆婆”，削弱了举办单位的权力，试点单位开展试点工作的主动性不够。
三是配套措施不健全。多数试点单位的理事会等法人结构已经建立，但涉及到权力下放的相应配套措施迟迟不能出台，致使理事会“空转”。我们了解到，一些地区相继出台了促进事业单位法人治理结构建设的有关优惠政策，但这些政策往往是具有明显行业特点的奖励性措施，虽然在有效调动试点单位积极性、落实法人自主权方面取得了较为明显的成效，但由于财政基础、宏观政策等条件的限制，难以在面上推开。
四是建设事业单位法人治理结构的长效机制尚未建立。法人治理结构建设的过程就是政府、相关职能部门、事业单位举办单位权力下放的过程，一些部门特别是涉及下放权力较多的部门非常抵触，及时得到主要领导支持，但仍需机构编制部门反复沟通、艰难推进，一些地区机构编制部门的同志就坦言，试点取得的成效是最终多方妥协的产物。这就造成了事业单位法人治理结构建设的推进仅局限于个别地区的个别行业，单纯为了“试点”而“试点”，缺乏深入、持久、广泛推进事业单位法人治理结构建设的长效机制。
五是理事会作用发挥不足。首先，理事会中的外部理事都由所在单位委派，代表派出单位利益，理事工作非其本职工作，纯属义务工作，受委派理事没有很强的参与意愿和责任意识。其次，教育、卫生行业的事业单位工作具有较强的专业性，社会代表理事和委派理事由于专业知识所限，履职能力有限，难以发挥议事监督作用。
六是管办分离、政事分开尚未实现，自主权不到位。从试点单位运行情况来看，管理模式和内部运行机制与试点前并没有根本性改变，“管”和“办”仍由举办单位负责，没有真正实现管办分离；试点单位负责人任命、用人、财务等权力仍掌握在相关部门手中，自主权没有完全落实到位。
七是法人治理结构建设内在要求与现行政策存在冲突。法人治理结构要求事业单位自主进行财务核算，项目资金自主使用，人员工资根据绩效考核结果自行发放；而财政部门则要求事业单位经费统一核算、集中支付，项目资金由财政部门统筹管理，人员工资实行统一发放。一些试点单位也反映，奖励性绩效工资与违规发放津补贴或福利难以界定，在发挥绩效工资分配的激励导向作用方面心存顾虑、畏手畏脚。另外，在打破用人制度身份界线与人事调配政策、购买服务与禁止“吃空饷”等政策方面也存在难以两全的矛盾。
工作建议：
1、建立健全事业单位法人治理结构，是分类推进事业单位改革，推进社会管理创新的重要内容，也是对政府、相关职能部门、事业单位举办单位及事业单位自身的一次权力利益再分配，政策性强、涉及面广、改革难度大，单靠职能部门的力量很难推动，必须提升到深化改革的大局中由各级党委、政府统筹推进。故建议由国家层面下发关于开展事业单位法人治理结构建设的实施意见，并明确事业单位法人治理结构建设工作由各级党委、政府层面推动实施。
2、事业单位法人治理结构建设，涉及组织、机构编制、人保、财政相关部门，因此，建议明确组织、机构编制、人保、财政等部门的职责任务，并要求相关部门从各自职责出发，在人事管理、运营管理、收入分配、监督管理等方面，制定出台支持事业单位开展法人治理结构建设试点工作的配套政策；同时，要要求各级党委、政府成立事业单位法人治理结构改革工作领导小组，具体负责法人治理结构建设工作的组织实施。
3、建议充分发挥试点单位的典型示范作用。对于事业单位法人治理结构建设试点工作如何推进，实际成效如何，市县编办以及各级各类试点单位都缺乏必要的认识，建议以试点事业单位为抓手，认真总结推广试点单位的经验做法，以典型引路，示范带动整体工作开展。
4、建议加强对事业单位法人治理结构建设工作的宣传培训。事业单位法人治理结构改革是一项新事物，需要得到党委、政府及社会各界的充分理解与支持，但从目前情况看，基层政府、举办单位和事业单位对此项工作的实际意义认识不足，改革的思想准备不足，甚至存在抵触情绪，建议加大政策宣传、业务培训力度，首先从我们机构编制部门内部提高认识、统一思想、理清思路、掌握方法，同时由试点向面上开办专题研讨班，宣传改革政策，统一改革共识，形成工作合力，确保改革工作统筹推进。
